Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. 3D Slicer obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera 3D Slicer to pliki .MRML. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w 3D Slicer. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez 3D Slicer.
3D Slicer może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem 3D Slicer plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez 3D Slicer.