Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. 4Peaks obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera 4Peaks to pliki .FASTA. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w 4Peaks. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez 4Peaks.
4Peaks może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem 4Peaks plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez 4Peaks.