Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. ABBYY Finereader Pro obsługuje co najmniej 8 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera ABBYY Finereader Pro to pliki .PTC. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w ABBYY Finereader Pro. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez ABBYY Finereader Pro.
ABBYY Finereader Pro może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem ABBYY Finereader Pro plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez ABBYY Finereader Pro.