Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. AlpineQuest obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera AlpineQuest to pliki .AQM. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w AlpineQuest. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez AlpineQuest.
AlpineQuest może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem AlpineQuest plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez AlpineQuest.