Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Apple Grapher obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Apple Grapher to pliki .GCX. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Apple Grapher. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Apple Grapher.
Apple Grapher może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Apple Grapher plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Apple Grapher.