Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Aquifer One-site obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Aquifer One-site to pliki .AQF. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Aquifer One-site. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Aquifer One-site.
Aquifer One-site może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Aquifer One-site plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Aquifer One-site.