Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Athenaeum obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Athenaeum to pliki .FB2. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Athenaeum. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Athenaeum.
Athenaeum może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Athenaeum plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Athenaeum.