Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Balsamiq Mockups obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Balsamiq Mockups to pliki .BMML. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Balsamiq Mockups. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Balsamiq Mockups.
Balsamiq Mockups może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Balsamiq Mockups plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Balsamiq Mockups.