Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Baseline Security Analyzer obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Baseline Security Analyzer to pliki .MBSA. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Baseline Security Analyzer. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Baseline Security Analyzer.
Baseline Security Analyzer może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Baseline Security Analyzer plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Baseline Security Analyzer.