Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. BizTalk Mapper obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera BizTalk Mapper to pliki .BTM. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w BizTalk Mapper. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez BizTalk Mapper.
BizTalk Mapper może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem BizTalk Mapper plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez BizTalk Mapper.