Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. BrainsBreaker obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera BrainsBreaker to pliki .BBRKSAVE. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w BrainsBreaker. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez BrainsBreaker.
BrainsBreaker może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem BrainsBreaker plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez BrainsBreaker.