Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Carbon Copy Cloner obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Carbon Copy Cloner to pliki .SPARSEIMAGE. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Carbon Copy Cloner. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Carbon Copy Cloner.
Carbon Copy Cloner może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Carbon Copy Cloner plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Carbon Copy Cloner.