Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Chem3D obsługuje co najmniej 4 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Chem3D to pliki .C3D2. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Chem3D. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Chem3D.
Chem3D może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Chem3D plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Chem3D.