Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Civilization 3 obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Civilization 3 to pliki .BIX. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Civilization 3. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Civilization 3.
Civilization 3 może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Civilization 3 plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Civilization 3.