Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Cog obsługuje co najmniej 13 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Cog to pliki .FLAC. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Cog. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Cog.
Cog może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Cog plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Cog.