Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter to pliki .CK6. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter.
Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter.