Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Commander Keen: Goodbye Galaxy Set obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Commander Keen: Goodbye Galaxy Set to pliki .CK4. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Commander Keen: Goodbye Galaxy Set. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Commander Keen: Goodbye Galaxy Set.
Commander Keen: Goodbye Galaxy Set może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Commander Keen: Goodbye Galaxy Set plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Commander Keen: Goodbye Galaxy Set.