Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy to pliki .CK3. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy.
Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy.