Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Deus Ex obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Deus Ex to pliki .UTX. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Deus Ex. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Deus Ex.
Deus Ex może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Deus Ex plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Deus Ex.