Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Doctor Who obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Doctor Who to pliki .EPC. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Doctor Who. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Doctor Who.
Doctor Who może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Doctor Who plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Doctor Who.