Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Doom 3 obsługuje co najmniej 5 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Doom 3 to pliki .SAVE. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Doom 3. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Doom 3.
Doom 3 może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Doom 3 plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Doom 3.