Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Doom Builder obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Doom Builder to pliki .WAD. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Doom Builder. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Doom Builder.
Doom Builder może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Doom Builder plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Doom Builder.