Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Doom II obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Doom II to pliki .MJ3. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Doom II. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Doom II.
Doom II może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Doom II plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Doom II.