Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Duke Nukem obsługuje co najmniej 4 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Duke Nukem to pliki .IMF. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Duke Nukem. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Duke Nukem.
Duke Nukem może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Duke Nukem plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Duke Nukem.