Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Duke Nukem 3D obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Duke Nukem 3D to pliki .ANM. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Duke Nukem 3D. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Duke Nukem 3D.
Duke Nukem 3D może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Duke Nukem 3D plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Duke Nukem 3D.