Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. EndNote obsługuje co najmniej 10 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera EndNote to pliki .RIS. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w EndNote. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez EndNote.
EndNote może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem EndNote plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez EndNote.