Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Equation Illustrator obsługuje co najmniej 4 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Equation Illustrator to pliki .MGS. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Equation Illustrator. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Equation Illustrator.
Equation Illustrator może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Equation Illustrator plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Equation Illustrator.