Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. FITS Viewer obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera FITS Viewer to pliki .FTS. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w FITS Viewer. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez FITS Viewer.
FITS Viewer może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem FITS Viewer plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez FITS Viewer.