Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. FlexHex obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera FlexHex to pliki .HEX. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w FlexHex. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez FlexHex.
FlexHex może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem FlexHex plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez FlexHex.