Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. GeneChip Instrument System obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera GeneChip Instrument System to pliki .GRC. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w GeneChip Instrument System. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez GeneChip Instrument System.
GeneChip Instrument System może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem GeneChip Instrument System plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez GeneChip Instrument System.