Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. GenePix Pro Software obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera GenePix Pro Software to pliki .ATF. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w GenePix Pro Software. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez GenePix Pro Software.
GenePix Pro Software może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem GenePix Pro Software plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez GenePix Pro Software.