Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Gephi obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Gephi to pliki .GRAPHML. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Gephi. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Gephi.
Gephi może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Gephi plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Gephi.