Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Graphviz obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Graphviz to pliki .GV. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Graphviz. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Graphviz.
Graphviz może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Graphviz plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Graphviz.