Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. H-JTAG obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera H-JTAG to pliki .HFC. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w H-JTAG. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez H-JTAG.
H-JTAG może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem H-JTAG plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez H-JTAG.