Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. HDF Explorer obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera HDF Explorer to pliki .HDF. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w HDF Explorer. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez HDF Explorer.
HDF Explorer może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem HDF Explorer plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez HDF Explorer.