Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. HEC-HMS obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera HEC-HMS to pliki .BASIN. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w HEC-HMS. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez HEC-HMS.
HEC-HMS może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem HEC-HMS plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez HEC-HMS.