Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Heretic 2 obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Heretic 2 to pliki .MJ3. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Heretic 2. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Heretic 2.
Heretic 2 może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Heretic 2 plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Heretic 2.