Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. HJSplit obsługuje co najmniej 32 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera HJSplit to pliki .001. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w HJSplit. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez HJSplit.
HJSplit może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem HJSplit plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez HJSplit.