Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Inno Setup obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Inno Setup to pliki .DAT. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Inno Setup. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Inno Setup.
Inno Setup może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Inno Setup plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Inno Setup.