Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Integrated Genome Browser obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Integrated Genome Browser to pliki .BED. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Integrated Genome Browser. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Integrated Genome Browser.
Integrated Genome Browser może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Integrated Genome Browser plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Integrated Genome Browser.