Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. JUDE/Server obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera JUDE/Server to pliki .JUDE. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w JUDE/Server. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez JUDE/Server.
JUDE/Server może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem JUDE/Server plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez JUDE/Server.