Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. MainConcept Reference obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera MainConcept Reference to pliki .MJ2. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w MainConcept Reference. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez MainConcept Reference.
MainConcept Reference może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem MainConcept Reference plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez MainConcept Reference.