Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Manga Studio obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Manga Studio to pliki .CPG. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Manga Studio. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Manga Studio.
Manga Studio może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Manga Studio plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Manga Studio.