Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Manifold System obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Manifold System to pliki .MAP. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Manifold System. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Manifold System.
Manifold System może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Manifold System plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Manifold System.