Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Markdown obsługuje co najmniej 8 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Markdown to pliki .MARKDOWN. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Markdown. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Markdown.
Markdown może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Markdown plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Markdown.