Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Master Navigator obsługuje co najmniej 2 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Master Navigator to pliki .MNH. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Master Navigator. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Master Navigator.
Master Navigator może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Master Navigator plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Master Navigator.