Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Merge OS X obsługuje co najmniej 1 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Merge OS X to pliki .COMPARISON. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Merge OS X. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Merge OS X.
Merge OS X może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Merge OS X plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Merge OS X.