Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Microsoft Autoroute obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Microsoft Autoroute to pliki .AEU. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Microsoft Autoroute. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Microsoft Autoroute.
Microsoft Autoroute może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Microsoft Autoroute plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Microsoft Autoroute.