Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Microsoft BizTalk Server obsługuje co najmniej 3 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Microsoft BizTalk Server to pliki .XDR. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Microsoft BizTalk Server. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Microsoft BizTalk Server.
Microsoft BizTalk Server może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Microsoft BizTalk Server plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Microsoft BizTalk Server.