Każde oprogramowanie domyślnie obsługuje wiele rozszerzeń plików. Microsoft Flight Simulator 2004 obsługuje co najmniej 4 różnych rozszerzeń plików. Podstawowe pliki, które wspiera Microsoft Flight Simulator 2004 to pliki .R8. Nie zawsze wszysztkie wymienione na liście rozszerzenia wykorzysywane są jednak do zapisu efektów pracy w Microsoft Flight Simulator 2004. Bardzo często, pliki z takimi rozszerzeniami wykorzystywane są jako pliki źródłowe danych wykorzystywanych przez Microsoft Flight Simulator 2004.
Microsoft Flight Simulator 2004 może być wykorzystany do konwersji formatów plików, pomiędzy rozszerzeniami wymienionymi poniżej. Możesz otworzyć za pośrednictwem Microsoft Flight Simulator 2004 plik posiadający jedno z poniższych rozszerzeń i spróbować zapisać go w innym rozszerzeniu, również obsługiwanym przez Microsoft Flight Simulator 2004.